この組織変更に伴い、災害派遣や、現在行われている陸自・空自のイラク派遣の部隊運用も、各幕僚監部から統合監部に指揮権が移ることになる。また、自衛隊そのものの運用も、これまで3自衛隊幕僚長がそれぞれに防衛庁長官を補佐していたが、今後は統幕長が長官を補佐することになる。

今回の組織改変で陸海空の複数分野における運用の必要性が生じた場合(例えば「不審船」の出現で海上自衛隊と航空自衛隊の連携プレーが必要な時)、迅速な意思決定と早期対応が可能になるとして歓迎されている。

一方、合理的なのはもちろんだが、逆に意思決定が集中化した場合のウィークポイント(熟考が必要な場合でもそれが行われない可能性や、独走の危険性)を配慮した仕組みも必要となるだろう。